应用Graphpad prism分析绘图-3组及以上数据

 
2022
本期内容有点长,耐心看完,相信可以帮到你
软件:Graphpad prism 9
数据:以qpcrR2-△△Ct值为例(3组,每组10个生物学重复样本)
C
T
M
1.00
0.45
0.89
0.80
0.56
0.83
0.87
0.49
0.66
1.01
0.64
0.80
0.71
0.51
0.87
0.92
0.42
0.78
0.78
0.30
0.67
1.13
0.54
0.71
1.07
0.62
0.78
1.10
0.65
0.66
 
 
01
 

打开Graphpad prism 9,选择Column

 

 
 
02
 

复制qpcrR2-△△Ct数据,粘贴到Data Tables

 

 
 
03
 

 找到Graphs(图),点击以上数据对应的名称,就会出现图形了

 
 
04
 

选择图形,图形有Individual valuesBox and violinMean/median & error,可以选择自己喜欢的图形,这里选择Individual values中的第二个,如下图;plot选择“mean with SEM”(均数加减标准误),SEM为标准误,与SD关系为SEM=SD/Sqrt(n),因此SEM会远小于SD,作图会更好看些

 

 

 

 

 
 
05
 

5. 接下来是调整图形的颜值:

1)调整命名,可选择删除Data1Xtitle标题,点击Y轴重新命名

2)通过change版块调整

:更换图表类型;

:选择colors,默认选择蓝色和、红色和绿色;

:调整图形的大小;

:改变X轴和Y轴的信息;

 

 

:改变柱子的外观

 

根据以上方法,按照自己喜欢的风格,自己多摸索,就可以得到做出自己喜欢的图形,我们得到的图形如下:

 
 
06
 

 

接下来就是进行统计学分析了,首先我们先看一下统计学分析思路:

 

 
 
07
 

需要确定是否符合正态分布:点击Analysis,选择Column analyses——选择Normality and Lognormality Tests,即正态性检验

 

 
 
08
 

看正态分布检测结果,一般认为,P>0.05时,数据符合正态分布。这里有几个检测,都满足了正态分布,可以考虑用参数检验中的One-way ANOVA检验(如果不满足,则选择非参数检验)

备注:结果列表中,当几种检验不一致时,小样本以shaprio-wilk test为准,大样本以kolmogorov-smimov test为准。

 
 
09
 

点击对应的Data,点击Analysis,选择Column analyses——选择One-way ANOVA(and nonparametric or mixed) 即单因素方差分析或非参数检验

 

 

 
 
10
 

查看结果,P>0.05,故满足方差齐性。(注意,如果不符合方差齐性,需要重新进行One-way ANOVA(and nonparametric or mixed即非参数检验)equal SDs选择Brown Forsythe and welch ANOVA test矫正,再重复一次分析)

 
 
11
 

显著性分析结果,可以看出还算有显著性差异的

 
 
12
 

显著性分析结果作图,prism 9以上的版本,可选择自动增加显著性分析作图Draw-Automatically add painwise comparisons

 
 
13
 

保存。建议保存矢量图格式,如PDF,也方便后续在AI上编辑。

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2022年11月25日 21:21
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